Ils activent excessivement la croissance de la muqueuse utérine et la sécrétion glandulaire. Ils peuvent engendrer à eux seuls une hyperplasie glandulo-kystique de l’utérus et faciliter l’apparition d’un pyomètre.

Ils stimulent la sécrétion hypophysaire et mammaire de l’hormone de croissance (GH). Or la GH joue un rôle primordial dans la croissance du tissu mammaire. Aussi, les progestagènes semblent favoriser la survenue de lésions mammaires : gynécomastie, développement des acinis et épithéliums mammaire (fibro-adénomatose mammaire ou mastose), adénome mammaire, adénocarcinome.

Ils sont souvent cités comme facteurs diabétogènes. L’hyperglycémie est due à une augmentation de sécrétion de GH à l’origine d’une insulino-résistance. 

Ils entraînent une suppression partielle de l’activité cortico-surrénalienne chez 25 à 30 % des animaux traités à l’acétate de médroxiprogestérone ou à la proligestone aux doses thérapeutiques.

Ils peuvent inhiber le déclenchement de la mise bas chez une femelle traitée pendant sa gestation avec un progestagène à longue demi-vie (proligestone, médroxyprogestérone). La gestation se poursuit anormalement et un avortement survient au-delà du terme. Une administration de megestrol chez une chatte pour interrompre ses chaleurs ne prévient pas une mise bas normale.

Associés à un excipient huileux, ils peuvent provoquer une réaction cutanée locale au point d’injection (décoloration, alopécie, atrophie cutanée, cacinosis circumscripta) ;

Des modifications du comportement sont décrites, telles une augmentation de l’appétit et du poids, une polydipsie et une légère dépression chez presque toutes les chiennes ;